Nascido no interior do Paraná, na cidade de Pato Branco, foi revelado como goleiro pelo Sinop Futebol Clube e com apenas 17 anos, em 1990, foi alçado pelo então técnico do Sinop, Nilo Neves ao time profissional.
No mesmo ano, chega ao São Paulo FC, ficando com o posto de quarto goleiro. Foi vice-campeão da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 1992 na condição de reserva do promissor Alexandre, numa decisão perdida nos pênaltis para o Vasco da Gama de Valdir Bigode. Em julho de 1992, Rogério Ceni subiu em definitivo para o time e foi promovido a terceiro goleiro do time profissional, através de Telê Santana, começando a ser inscrito para alguns jogos do campeonato paulista e para a Supercopa da Libertadores daquele ano.
Em 1993, voltou para os juniores sendo campeão como titular da Copa São Paulo. Sempre se espelhando em Zetti, batalhou muito e imediatamente subiu como reserva absoluto. Nesse mesmo ano, fez sua estreia como profissional contra o Tenerife no Torneio Santiago de Compostela, pegando um pênalti na vitória do São Paulo por 4 a 1.
Ceni fez parte do elenco vitorioso que ganhou vários títulos, comandado por Telê Santana. Nesta fase, integrou a equipe de baixo, conhecida como “Expressinho”, que conquistou o título da Copa Conmebol, em 1994, com o então jovem treinador Muricy Ramalho no comando da equipe.
Depois de seis anos de espera, após a saída de Zetti em 1996 para o Santos, Rogério Ceni assumiu a posição de goleiro titular do time. Recebeu por seis vezes a Bola de Prata, prêmio concedido pela revista Placar ao melhor jogador da posição durante o Campeonato Brasileiro, e no ano de 2008, além do troféu de prata, recebeu a Bola de Ouro como o melhor jogador do Campeonato Brasileiro. Rogério Ceni é o segundo jogador mais premiado do prêmio Bola de Prata na história do futebol brasileiro, atrás apenas de Zico.
Em 2005, o melhor ano para Rogério, conquista o Paulista, a Libertadores e o Mundial de Clubes, sendo o ano em que Rogério mais balançou as redes adversárias, entrando de vez na história do SPFC como um de seus maiores ídolos. Também foi nesse ano eleito o melhor jogador da Libertadores e do Mundial de Clubes da FIFA.
No ano seguinte, foi condecorado com o troféu de ouro concedido para o melhor goleiro do Campeonato Brasileiro, juntamente com o troféu de melhor jogador do campeonato. Em 2007, voltou a receber o prêmio de Melhor Goleiro do Campeonato Brasileiro, além de Craque do Brasileirão e Craque da Torcida, todos concedidos pela CBF.
Rogério entrou três vezes na lista dos dez melhores goleiros do mundo, elaborada anualmente pela Federação Internacional de História e Estatísticas do Futebol (IFFHS), entidade com sede na Alemanha.
Seu profissionalismo e dedicação ao clube, somados a seu carisma junto a torcida são destaques que marcaram a carreira do jogador, e determinantes para ter recebido o slogan: “Todos têm goleiros, só nós temos Rogério Ceni”.
No dia 7 de setembro de 2010, Rogério Ceni completou vinte anos vestindo a camisa do São Paulo, três deles pelas categorias de base. Já no dia 7 de setembro de 2011, Ceni fez seu milésimo jogo pelo São Paulo, no jogo em que vencemos por 2 a 1 o Atlético Mineiro.
Em 27 de março de 2011, Rogério Ceni alcançou a marca de 100 gols na carreira no jogo válido pelo campeonato paulista contra o Corinthians e vencido por 2×1.
Sua última partida oficial pelo São Paulo foi em 28 de outubro de 2015, na derrota para o Santos na Vila Belmiro por 3 a 1, pela Copa do Brasil.
No dia 11 de dezembro do mesmo ano, Rogério fez sua despedida oficial dos gramados. Em jogo festivo no Estádio do Morumbi, foram reunidos alguns jogadores campeões mundiais pelo São Paulo, que foram distribuídos em duas equipes: os campeões de 1992 e 1993 contra os campeões de 2005. O goleiro atuou pela equipe de 2005, convertendo um pênalti no final da partida. Ao final do jogo, Rogério agradeceu aos torcedores pelos 25 anos de São Paulo, e declarou: “Gostaria que, quando eu morresse, eu fosse cremado e as minhas cinzas fossem jogadas aqui no Morumbi, para que eu possa sempre lembrar do que aconteceu”.
- Estreia: 25/06/93
- Jogos disputados pelo SPFC: 1237
- Gols marcados pelo SPFC: 131
- Último jogo: 28/10/15
- Nascimento: Pato Branco, PR: 22/01/1973
- Títulos conquistados no SPFC:
- Campeão Mundial de 1993 (sem jogar) e 2005
- Campeão da Libertadores de 1993 (sem jogar) e 2005
- Campeão da Copa Sul-Americana de 2012
- Campeão da Supercopa de 1993 (sem jogar)
- Campeão da Recopa de 1993 (sem jogar) e 1994 (sem jogar)
- Campeão da Copa Conmebol de 1994
- Campeão da Copa Master Conmebol de 1996
- Campeão do Brasileiro de 2006, 2007 e 2008
- Campeão do Rio-São Paulo de 2001
- Campeão do Paulista de 1992 (sem jogar), 1998, 2000 e 2005