Miranda foi anunciado no SPFC em 26 de agosto de 2006. No mesmo ano, o São Paulo conquistou o Campeonato Brasileiro de 2006.
Em 2007, ao lado dos zagueiros Breno e Alex Silva, formou uma sólida defesa no Campeonato Brasileiro que passou nove jogos consecutivos sem levar gols e foi vazada apenas 18 vezes em 38 partidas. Naquele ano, Miranda conquistou o título do Brasileirão com a defesa menos vazada do campeonato. Sendo assim, o bicampeonato do TricoloR.
Em 2008, no segundo turno do Campeonato Brasileiro, formou ao lado dos zagueiros Rodrigo e André Dias um espetacular trio defensivo que ficou os últimos 18 jogos do campeonato invicto, conquistando o inédito tricampeonato brasileiro.
Depois de passagens por clubes estrangeiros, no dia 6 de março de 2021, antes do clássico San-São no Campeonato Paulista, o São Paulo confirmou a volta de Miranda ao clube, dez anos após a sua saída. Miranda assinou por um ano e oito meses. Ele foi apresentado no dia 17 de março e recebeu a camisa 22.
Fez seu 1° gol no retorno ao São Paulo em 2 de maio de 2021, no empate por 2 a 2 contra o Corinthians, no Clássico Majestoso válido pela décima rodada do Campeonato Paulista. Ao fim do Campeonato Paulista, Miranda foi selecionado para o time dos melhores da competição.
Miranda fez o seu jogo de número 300 com a camisa do São Paulo no dia 7 de novembro de 2021, contra o Fortaleza. Neste jogo, entrou para a lista de jogadores são-paulinos com mais atuações pelo clube no século XXI, ao lado de Reinaldo, Hernanes, Luis Fabiano e Rogério Ceni.