O alagoano Aloísio começou sua carreira no CRB, mas depois teve pequenas passagens pelo Flamengo e Guarani. Mas foi no Goiás, aonde chegou em 1997, que Aloísio conseguiu se destacar.
Após ser tricampeão goiano, transferiu-se para o futebol europeu em meados de 1999. Jogou no Saint-Etienne e no Paris Saint-Germain, ambos da França.
Em 2005, estava há dois anos no Rubin Kazan, da Rússia, quando acertou com o Atlético-PR. Brilhou naquela temporada e acabou atraindo o interesse do São Paulo, que contratou-o a tempo de disputar o Mundial Interclubes de 2005, no Japão.
No São Paulo, Aloísio viveu a melhor fase de sua carreira. Ganhou títulos importantes, como o Mundial Interclubes, no Japão, e o Campeonato Brasileiro, e passou a receber destaque na mídia nacional e internacional. Foi dele a assistência para o gol de Mineiro na grande final contra o Liverpool Football Club em 2005 e foi onde ganhou o apelido carinhoso de Chulapa, comparado ao ex-atacante Serginho Chulapa pela semelhança de envergadura entre os dois.
No dia 29 de agosto de 2008, Aloísio se transferiu para o Al-Rayyan, do Qatar, por um milhão de dólares.
Após oito meses, foi contratado em 9 de maio de 2009 pelo Vasco da Gama, onde permaneceu até janeiro de 2010, passando pelo Ceará e logo depois pelo Brasiliense.
No ano seguinte, foi contratado pela empresa Havan para atuar no time da cidade, o Brusque, mas em agosto do mesmo ano voltou para o CRB.
Em dezembro de 2012, Chulapa decidiu adiar por um ano o encerramento de sua carreira e acertou com a Francana para as disputas do Campeonato Paulista da Série A-3 e em fevereiro de 2013, com o Gama para a disputa do campeonato candango de 2013.
Em 2014, Aloísio funda o projeto social Escolinha de Futebol Meninos de Ouro para crianças em Atalaia-AL, que contou inclusive com a presença do goleiro Rogério Ceni.
Em agosto de 2015, iniciou a terceirona paranaense pelo Maringá FC e em dezembro do mesmo ano, assinou contrato de um ano com o Comercial-MS, onde foi vice-campeão do Campeonato Sul-Mato-Grossense de Futebol de 2016.
Em maio de 2016, acertou com o Sete de Dourados-MS para a disputa da Série D e, finalmente, no início de 2017 anunciou sua aposentadoria do futebol para dar início a uma nova carreira como secretário de Esportes do município de Atalaia, cidade onde nasceu.
Mas não teve jeito: em 30 de setembro de 2017, aos 42 anos, foi anunciado pelo Nova Conquista para a disputa da Segunda Divisão Tocantinense 2017, e Aloísio Chulapa reestreia vos gramados.