Em 23 de maio de 2021, o argentino Rigoni acertou com o São Paulo por três temporadas.
Em 8 de junho, na goleada por 9 a 1 sobre o 4 de julho, válida pelo jogo de volta da 3a fase da Copa do Brasil, Rigoni concedeu uma assistência para Gabriel Sara marcar o terceiro gol do jogo, além de fazer seu primeiro gol pelo Tricolor, o quinto do São Paulo na partida.
Em 23 de junho, no empate de 2 a 2 com o Cuiabá na 6a rodada do Campeonato Brasileiro, teve uma atuação de destaque ao conceder assistências para os dois gols do São Paulo, marcados por Martín Benítez e Gabriel Sara.
Foi decisivo mais uma vez em 20 de julho, tendo feito dois gols na vitória de 3 a 1 do São Paulo sobre o Racing, no jogo de volta das oitavas de final da Copa Libertadores, ajudando o Tricolor a se classificar para as quartas de final da competição.
Em 14 de agosto, Rigoni também foi fundamental ao time ao conceder a assistência que resultaria no gol de Igor Gomes, nos minutos finais, para garantir a vitória de 2 a 1 contra o Grêmio pelo Brasileirão.
Já no dia 25 de agosto, marcou os dois gols do São Paulo no empate de 2 a 2 com o Fortaleza, pelo jogo de ida das quartas de final da Copa do Brasil.
Em 19 de setembro, Rigoni marcou o 1º gol do São Paulo na vitória por 2×1 sobre o Atlético Goianiense pelo Brasileirão.
E em 3 de outubro, foi decisivo mais uma vez marcando o único gol do São Paulo no empate de 1×1 contra a Chapecoense, acertando um belo chute de fora da área no ângulo do goleiro Keiller.